Cuba Gooding est né dans le Bronx, New York à Shirley, une chanteuse avec les Sweethearts, et Cuba Gooding, Sr., un chanteur principal du groupe de soul The Main Ingredient. Il a deux frères, le musicien Tommy Gooding et son collègue acteur Omar Gooding, et sa sœur, April Gooding. Sa famille a déménagé à Los Angeles après que le groupe de musique de Gooding Sr. ait eu un single avec "Everybody Plays the Fool" en 1972, mais a abandonné sa famille deux ans plus tard. Gooding Jr. a été élevé par sa mère et a fréquenté quatre lycées différents: North Hollywood High School, Tustin High School, Apple Valley High School et John F. Kennedy High School à Granada Hills à Los Angeles. Il a été président de classe dans trois d'entre eux.